Comandos importantes:

ls (para listar o conteudo da pasta/diretorio)
cd nome (para mudar para o diretorio "nome")
cd .. (para ir para o diretorio acima)
mkdir nome (para criar um diretorio chamado "nome")
cat nome (para ver o conteudo do arquivo "nome")
rm nome (para remover o arquivo "nome")
rm -rf nome (para remover o diretorio "nome")
mv nome1 nome2 (para renomear o arquivo "nome1" para "nome2" -- sobrescreve nome2 se ele ja existir)

gcc -ansi -pedantic -Wall -Werror -o labXX labXX.c (para compilar o arquivo labXX.c)
./labXX (para executar o programa labXX gerado e mostrar a saida na tela)
./labXX < arqYY.in (para redirecionar a entrada)
./labXX > arqYY.res (para redirecionar a saida para o arquivo arqYY.res)
./labXX < arqYY.in > arqYY.res (para redirecionar a entrada e a saida)
diff arqYY.out arqYY.res (para comparar o arquivo gerado pelo seu programa com o arquivo de saida esperado)

Seja labXX seu arquivo executavel.
Suponha que os arquivos de teste vao de arq01.in ate arqWW.in.
Voce pode usar o seguinte para realizar todos os testes de uma vez:
for ((i=1; i<=WW; i++)); do num=$(printf %02d $i); echo "Arquivo sendo testado: arq$num.in"; ./labXX < arq$num.in > arq$num.res; diff arq$num.out arq$num.res; done

Se voce utilizar a biblioteca math.h, eh necessario o parametro "-lm" ao fim da linha de compilacao do gcc:
gcc -ansi -pedantic -Wall -Werror -o labXX labXX.c -lm